Постановлением Кабинета Казахской ССР № 496 от 28 августа 1991 г. и Постановлением Президиума АН КазССР № 73 от 6 сентября 1991 г. на базе Археологического центра Института истории, археологии и этнографии им. Ч. Ч. Валиханова АН КазССР был создан Институт археологии, которому было присвоено имя выдающегося ученого археолога, историка, этнографа, востоковеда, филолога, академика А. Х. Маргулана.