Основными направлениями деятельности Института являются фундаментальные и прикладные исследования в области археологии. Разработка и реализация планов основных направлений фундаментальных научных исследований, изучение закономерностей исторического процесса на территории Казахстана на основе комплексного исследования археологических культур и памятников от эпохи палеолита до средневековья. Особое место в научной деятельности института занимает учет, сохранение и использование памятников историко-культурного наследия; осуществление научных экспертиз по профилю деятельности Института.

Научные направления:

• изучение антропогенеза, происхождение человека и ранних этапов культу¬ры в Казахстане;
• изучение культуры номадов от сложения кочевничества до его развития в динамике, до эпохи Казахского ханства;
• изучение взаимодействия оседлых цивилизаций и кочевых культур в древ¬ности и средневековье, в частности, решение вопроса о начальном этапе протогородской цивилизации Казахстана в контактных зонах оседлости и кочевания и об едании кочевников;
• вопросы урбанизации средневековых городов, исследование городской структуры, строительства и ар¬хитектуры, функций города в разрезе ремесла, торговли и денежного обращения, сельского хозяйства, идеологии, демографии, социальных отношений, технологи¬ческого прогресса;
• археологическое изучение «Великого Шелкового пути - пути диалога куль¬тур»;
• изучение памятников археологии, древнего искусства и архитектуры;
• проблемы изучения, сохранения культурного наследия.
• проведение фундаментальных и прикладных исследований в области археологии;
• изучение закономерностей исторического процесса на территории Казахстана на основе комплексного исследования археологических культур и памятников от эпохи бронзы до средневековья;
• теоретическая разработка на современном научном уровне проблем влияния и определения вклада автохтонных племен и народов региона, оказанного на эволюцию материальной и духовной культуры Евразии и в целом на мировой процесс исторического развития человечества;
• изучение экономических систем разных хронологических периодов, включающих весь комплекс материальных остатков, связанных с производственной деятельностью человека: орудия труда, сырьевые базы, древние технологии; организацией производства: скотоводства, земледелие, места обитания человека, хозяйственно-культурные типы, древние ирригационные системы;
• изучение социальных (административно-политических) систем на основе научного анализа археологических памятников, реконструкции и моделирования социальной иерархии общества и его структуры, исторических форм и динамики государственности, военных систем - организацию самообороны общества, комплексы вооружения, их видовой и типологической состав;
• изучение демографической системы, определение численности и половозрастного состава населения в разные периоды, миграции, эмиграции, инфильтрации населения, агрессии;
• изучение мировоззрения населения, древних систем религиозных взглядов, их распространение и существование, появление религиозных центров, идеология;
• изучение древнего искусства, монументальной скульптуры, архитектуры, наскальных изображений, декоративно-прикладного искусства;
• изучение проблем построений хронологических систем и периодизаций, вопросов реконструкции и моделирования содержательных смысловых характеристик, отраженных в археологических источниках, совершенствование методики исследований;
• учет, сохранение и использование памятников историко-культурного наследия;
• осуществление научных экспертиз завершенных исследований и конкурсных проектов по профилю;
• содействие практическому использованию полученных результатов,
• оказание консультационных и научно-аналитических услуг;
• издание научных трудов, периодических и серийных изданий;
• формирование научно-технического банка данных.