Институт қызметінің негізгі бағыты археология саласында іргелі және қолданбалы зерттеулер жүргізу болып табылады. Қазақстан жеріндегі археологиялық мәдениеттерді және палеолит дәуірінен ортағасырға дейінгі ескерткіштерді кешенді зерттеу негізінде тарихи үдерістің заңдылықтарын зерттеу, іргелі ғылыми зерттеудің негізгі бағытындағы жобаларды жасау және іске асыру. Институттың ғылыми жұмысының басты мәселесі тарихи-мәдени мұра ескерткіштерін есепке алу, сақтау және пайдалану; Институттың қызметіне сай ғылыми сараптамаларды жүзеге асыру.
Ғылыми бағыттар:
Қазақстандағы мәдениеттің ежелгі кезеңдері мен адамның пайда болуын антропогенезін зерттеу;
номадтар мәдениетінің көшпенділіктің қалыптасуынан бастап Қазақ хандықтарының дәуіріне дейінгі даму динамикасын зерттеу;
ежелгі және орта ғасырлардағы отырықшы өркениет пен көшпенді мәдениеттің өзара қарым-қатынасын зерттеу, оның ішінде отырықшылық пен көшпенділіктің байланыс аймағындағы Қазақстанның ең ежелгі қала өркениетінің алғашқы кезеңі туралы сауалдарды шешу;
ортағасырлық қалалардың урбанизация мәселесі, қалалық құрылымы, құрылысы мен архитектурасын, қолөнер бойынша қаланың қызметін, сауда және ақша айналымын, ауыл шаруашылығын, идеологиясын, демографиясын, әлеуметтік қарым-қатынасын, технологиялық дамуын зерттеу;
археология, ежелгі өнер және архитектура ескерткіштерін зерттеу;
тарихи-мәдени мұра ескерткіштерін зерттеу, есепке алу, сақтау және пайдалану мәселесі;
ғылыми еңбектерді, мерзімді және сериялы жариялымдарды басып шығару.