Ә.Х.МАРҒҰЛАН атындағы АРХЕОЛОГИЯ ИНСТИТУТЫ Қазақ КСР Министрлер Кабинетінің 1991 жылдың 28 тамыздағы №496 қарарына сәйкес және Қазақ КСР Ғылым Академиясы Төралқасының 1991 жылғы 6 қыркүйектегі №73 қарарымен Археология институты құрылып, оған белгілі ғалым, ұлттық археология мектебінің негізін қалаушы, тарихшы, этнограф, шығыстанушы, филиолог, академик Ә.Х.Марғуланның есімі берілді. Археология өз алдына дербес ғылыми сала ретінде Қазақстанның қоғамдық ғылымында, 1946 жылы құрылған Қазақ КСР Ғылым Академиясы негізінде қалыптасты. 1946-1953 жылдары археология бөлімінің алғашқы меңгерушісі Ә.Х.Марғұлан болды, ал 1953 жылдан бастап бөлімді К.А.Ақышев басқарды.

1991 жылғы дербес Институттың құрылуы, бүкіл дүние жүзілік өркениеттің бір бөлшегі ретінде, халықтың даму уақытын зерделеуге, оның өткен кезеңін, мәдени мұрасын зерттеуге байланысты, Қазақстанның археология және тарих ғылымының әрі қарай дамуына мұрындық болды.

Қазақстандағы археологияның дамуының басында орыстың белгілі шығыстанушы,   тарихшы ғалымдары Б.Б.Бартольд, В.В. Радлов, П.И. Лерх және көрнекті алдыңғы қатарлы орыс зиялы қауымы тұрды. Республикадағы археология ғылымының қалыптасуына кеңестік археологтар М.Е. Массон, С.П. Толстов, А.Н. Бернштам, М.П. Грязнов, С.С. Черников, П.И. Борисковский, А.П. Окладников, Л.Р. Кызласов, В.М. Массонның еңбектерінің маңызы зор.

Ұлы Отан соғысына дейінгі уақыт пен 60 жылдардың соңын қамтитын кезең, Орталық Қазақстандағы қола дәуіріндегі қорымдарға,  Жетісудағы сақтардың Бесшатыр обасына, тың жерлерді зерттеуге үлкен экспедициялар ұйымдастырылумен сипатталады.

60 жылдардың екінші жартысы мен 70-80 жылдарда археологтардың жаңа тобы өмірге келді: Б.Н.Нұрмуханбетов, Л.Б.Ерзакович, К.М.Байпаков, С.М.Ахинжанов, М.С.Мерщиев, С.Ж.Жолдасбаев, В.А.Грошев, Ж.К.Таймағамбетов, Ж.Қ.Құрманкулов, А.К.Ақышев, З.С.Самашев, Е.А.Смағұлов, Т.В.Савельева, Байтанаев Б.А., А.С.Ермолаева, Ю.А.Мотов,    А.А.Макарова, Т.Н.Нұрымов; нумизматтар: Р.З .Бурнашева, В.Н. Настич.

Ғылыми зерттеуді ұйымдастыруды қамтамасыз ету Ғылыми кеңеспен реттеледі. Жас ғалымдар кеңесі жұмыс істейді. Археология институты халықаралық байланыстарды дамыта және қолдай отырып, бірлескен халықаралық бағдарлама мен жобаларға қатысып, халықаралық   экспедициялар мен  көрмелер ұйымдастырып, бірлескен ғылыми еңбектерді шығарып, халықаралық    симпозиум мен  конференцияның   жұмыстарына белсене ат салысуда.

Археологиялық ескерткіштерді зерттеу нәтижесінде жыл сайын қосымша ақпарат беретін жаңа материалдар пайда болып жатыр. Қордың толықтырылуы және ақпарат көздерінің кеңеюі, археологиялық зерттеу процесінің қажетті және тындырымды буыны болып табылады. Қазақстан археологиясында ескерткіштердің классификациясын және типологиясын жасап әрі жетілдіріп, жаңа археологиялық мәдениетке бөліп, шаруашылық-мәдени үлгілерін жасап, тарихи-мәдени тұтастықты көрсетіп, жылнама мен кезеңдерге бөлу мәселесінде жинақталған құндылықтар бар. Археологиялық құндылықтар  палеолит дәуірінен бастап ортағасырдың соңғы кезеңіне дейін, кең жылнамалық ауқымда Қазақстанның ерте және ортағасырлардағы тарихи суреттемесін қалпына келтірудің негізін қалайды.

1991-2001 жылдары Институт Қазақстандағы қазіргі археология ғылымының дамуындағы  басым бағыттарын анықтап, іргелі зерттеу  бағдарламасын жасауға қатысты. Кешенді зерттеу жұмыстарының нәтижесіде, нақты тарихи шындықты әлеуметтік-экономикалық, саяси, этно-мәдени аспектіде қайта даярланып,  жаңа ескерткіштерді ашудың келелі мәселелері жасалынды. 2012 жылдан бері Институттың гранттық басымдық бағдарламасы бойынша «Елдің зияткерлік әлуеті» деген 20 тақырыптық жұмыс орындалуда. Қоғамдық-гуманитарлық институттардың пәнаралық кеңесінің «Ғылыми қазына: «Ерте және орта ғасырлардағы Қазақстан тарихы археологиялық зерттеулері» атты мақсатты бағдарламасы іске асуда. Бұдан басқа «Тарихи-мәдени мұра нысандарына археологиялық зерттеулер» деген мақсатты бағдарлама бар (бағдарлама әкімшісі ҚР «Мәдениет және Ақпарат Министрінің» Мәдениет комитеті).

Институттың ғылыми-ұйымдық қызметіндегі ең бір маңызды бағыт 2004-2013 жылдарға арналған «Мәдени мұра» атты Мемлекеттік бағдарламаны жүзеге асыруға қатысу. Қазіргі қоғам үшін мәдени мұраны сақтау өзекті мәселеге айналып отыр. Мәдени мұраның заттай айғақтары, халықтың  жадындағы  заттай көріністері  болып табылады. Осыған байланысты «Мәдени мұра» Мемлекеттік бағдарламасы бойынша мәдени мұраны сақтау мәселесі бүкіл ТМД аясында тек Қазақстанда ғана мемлекеттік мәртебеге ие. Бұл жағдай өткенге өркениетті қарым-қатынас көрсеткіші болып табылатындығының белгісі. Айтылмыш бағдарлама бойынша, археологиялық нысандар өз маңыздылығы бойынша таңдалып, алдыңғы көрсеткіштері есепке алынуда. Шын мәнінде, олар эталонды ескерткіштер саналып, халықтың генетикалық жадын тасушы ретінде өзіндік рөлін атқарып, маңызды тарихи-мәдени құндылықтарды жеткізуші әрі Бүкіл дүние жүзілік мәдени мұралар тізімінің болашақ номинанттары болып табылады. . Зерттеу жұмыстары бағдарлама бойынша кешенді түрде жүргізіліп,  қазба жұмыстарының соңын ала және жобаны жасау барысындағы дайындық пен қатар, қазба жұмыстары жүргізілген нысандарды консервациялау және қалпына келтіру, мұражайға айналдыру іс-шаралары өткізіледі.

Археология ескерткіштерін зерттеу және сақтау мәселелері, оларды қорғау мен пайдаланудың бір тұтас жүйесін ұйымдастырмай жүзеге асыру мүмкін емес. Осыған байланысты археология институты археологиялық ескерткіштерді іздеп табу шарасының жетілдірілген бағдарламасын ұсынды, онда құрылыс пен шаруашылық қызмет үдерістері барысында алдын ала археологиялық сараптама жасау түйінделді. Ә.Х.Марғұлан атындағы археология институты өз қызметін бастағаннан бері көптеген жетістіктерге жетіп,  жаңа бағыттарды әзірлеп, ойдағыдай жүзеге асырумен қатар, Қазақстандағы археологиялық зерттеулердің болашақтағы концептуалды  негізі қаланды.